本系創始於1998年，時為商業自動化與管理研究所碩士班。
1999年，成立經營管理系，招收二技大學部學生。
2000年，成立商業自動化與管理研究所進修部碩士在職專班。
2004年，二技停招，開始招收日間部四技學生。
2007年，商業自動化與管理研究所進修部碩士在職專班轉型為EMBA專班。
2009年，商業自動化與管理研究所碩士班更名為經營管理系碩士班。
2013年，成立經營管理系進修部碩士在職專班。
2021年，成立數位轉型特色實驗室，以深化各學制學生在各領域數位科技應用之專業訓練。
本系目前設有日間部四技、碩士班1班和碩士在職專班各一班，同時支援管理學院博士班經營管理組及EMBA經營管理組，致力培育數位時代所需之經營管理人才。
